Durante a década de 90 a formação de agentes indígenas de saúde passou a ser a principal estratégia para a implantação de um sub-sistema de atenção à saúde para os povos indígenas no país, estando presente em todas as propostas de atenção à saúde voltada a esses povos. A UNIFESP/Projeto Xingu iniciou a formação de indígenas, chamados monitores de saúde na ocasião, ainda na década de 80 embora de maneira pontual, com a capacitação de alguns indígenas na coleta e leitura de lâminas de malária, esclarecendo o comportamento e a abordagem de alguns agravos frequentes na época.
A formação de agentes indígenas de saúde, sistematizada e contínua, iniciou-se a partir de 1990, conjuntamente à implementação de um modelo de atenção na forma de um sistema local de saúde. Ao longo destes anos o movimento dos cursos, envolvendo os próprios indígenas, se fortaleceu e propiciou o desenho de uma identidade e cumplicidade que facilitou a interlocução interna entre os povos do Xingu e destes com a sociedade nacional em sua interface relacionada à saúde. Desafiados pela perspectiva de construção coletiva do Modelo de Atenção à Saúde dos Povos Indígenas, na forma dos Distritos Sanitários Especiais Indígenas, os alunos acompanharam as discussões da Política de Saúde Indígena em vários fóruns de âmbito local, regional e nacional, participando de encontros e conferências. Durante toda a década de 90 os agentes de saúde em formação participaram dos diferentes momentos de estruturação do Subsistema de Atenção à Saúde Indígena que foi implantado em 1999 pela Fundação Nacional de Saúde do Ministério da Saúde FNS/ MS.