Durante a década de 90 a formação de agentes indígenas de saúde passou a ser a principal  estratégia para a implantação de um sub-sistema de atenção à saúde para os povos   indígenas no país, estando presente em todas as propostas de atenção à saúde voltada   a esses povos. A UNIFESP/Projeto Xingu iniciou a formação de indígenas, chamados   monitores de saúde na ocasião, ainda na década de 80 embora de maneira pontual, com a   capacitação de alguns indígenas na coleta e leitura de lâminas de malária, esclarecendo o   comportamento e a abordagem de alguns agravos frequentes na época.

A formação de agentes indígenas de saúde, sistematizada e contínua, iniciou-se a partir  de 1990, conjuntamente à implementação de um modelo de atenção na forma de um   sistema local de saúde. Ao longo destes anos o movimento dos cursos, envolvendo os   próprios indígenas, se fortaleceu e propiciou o desenho de uma identidade e cumplicidade   que facilitou a interlocução interna entre os povos do Xingu e destes com a sociedade   nacional em sua interface relacionada à saúde. Desafiados pela perspectiva de construção   coletiva do Modelo de Atenção à Saúde dos Povos Indígenas, na forma dos Distritos   Sanitários Especiais Indígenas, os alunos acompanharam as discussões da Política de Saúde   Indígena em vários fóruns de âmbito local, regional e nacional, participando de encontros   e conferências. Durante toda a década de 90 os agentes de saúde em formação participaram   dos diferentes momentos de estruturação do Subsistema de Atenção à Saúde Indígena que   foi implantado em 1999 pela Fundação Nacional de Saúde do Ministério da Saúde FNS/  MS.