O Projeto Xingu é formado por uma equipe multidisciplinar que planeja e desenvolve atividades em parceria com povos indígenas e suas associações, universidades, distritos de saúde e outras instituições governamentais e não governamentais.

Grande parte dos profissionais da equipe já trabalhou em áreas indígenas por muitos anos e por isso acumulou uma experiência importante que hoje é refletida no modo de atuar do Projeto.