É um projeto de extensão universitária do Departamento de Medicina Preventiva, da Escola Paulista de Medicina, Universidade Federal de São Paulo (EPM/UNIFESP). Teve início em 1965 quando, a convite de Orlando Villas-Boas, Diretor do Parque Indígena do Xingu (PIX), um grupo de médicos da Escola Paulista de Medicina foi avaliar as condições de saúde dos povos indígenas lá presentes. Esta visita marca o início de um programa de saúde que se estende até os dias atuais e da colaboração de uma escola médica na assistência aos povos indígenas e na formação de profissionais de saúde para atuar no contexto indígena. Havia risco de contágio por varíola, altamente letal e ainda não erradicada no Brasil à época.
A partir da avaliação das condições de saúde da população e do quadro epidemiológico reinante, ficou evidente para a equipe a necessidade de se desenvolver um programa de saúde que incluísse medidas curativas e preventivas e que tivesse assegurada sua continuidade, proposta esta que recebeu plena acolhida por parte de Orlando Villas-Boas. Nesses 59 anos, o Projeto Xingu passou por diversas etapas buscando, de um lado, responder às novas e crescentes demandas sanitárias consequentes à experiência de contato dos povos xinguanos com a sociedade nacional e, de outro, colaborar na luta para incluir, de forma diferenciada, a saúde indígena no Sistema Único de Saúde (SUS).
O trabalho do Projeto Xingu tem como eixos organizadores a formação de profissionais indígenas e não indígenas; a participação social e a Atenção Básica à Saúde dos Povos Indígenas. As atividades se diversificaram e a equipe do Projeto Xingu se ampliou para dar conta das novas demandas apresentadas pela SESAI, Distritos Sanitários Especiais Indígenas e o próprio Ambulatório do Povos Indígenas.
São princípios norteadores do trabalho a interculturalidade, integralidade e intersetorialidade, expressos nos cursos de formação profissional e capacitação de indígenas e não-indígenas, e na organização diferenciada dos serviços locais de saúde, articulados ao Sistema Único de Saúde (SUS).
Contribuir no desenvolvimento de experiências, metodologias e tecnologias inovadoras, articulando de modo interdisciplinar a pesquisa, ação comunicativa e formação.
Ser referência na produção de conhecimentos e práticas voltadas para o campo da saúde indígena. Fortalecer e assessorar os processos de formação e educação profissional de indígenas e não indígenas para o trabalho em saúde em contextos interculturais.
Protagonismo Indígena, Diálogo Intercultural, Transdisciplinaridade, Trabalho Coletivo, Princípio Educativo do Trabalho, Ética, Humanização.